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DESeq2 基因差異表達(dá)分析與統(tǒng)計(jì)建模培訓(xùn)課程

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• 培訓(xùn)對(duì)象：轉(zhuǎn)錄組研究人員、生物統(tǒng)計(jì)人員、需要掌握基于計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)的差異表達(dá)分析方法的科研人員。

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• 培訓(xùn)目標(biāo)：

  1. 理解DESeq2基于負(fù)二項(xiàng)分布的統(tǒng)計(jì)模型原理，掌握輸入數(shù)據(jù)的準(zhǔn)備與預(yù)處理方法。

  2. 熟練使用DESeq2進(jìn)行基因水平的差異表達(dá)分析，正確解讀分析結(jié)果與統(tǒng)計(jì)指標(biāo)。

  3. 掌握數(shù)據(jù)可視化與結(jié)果解讀技巧，能夠?qū)⒉町惢�因列表用于下游功能富集分析�?/span>

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• 培訓(xùn)內(nèi)容介紹：

  1. RNA-seq計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)：理解基因表達(dá)計(jì)數(shù)矩陣的產(chǎn)生方式（HTSeq-count、featureCounts、Kallisto）。

  2. DESeq2統(tǒng)計(jì)原理：了解負(fù)二項(xiàng)分布模型、均值-方差關(guān)系、倍數(shù)收縮等核心統(tǒng)計(jì)思想。

  3. R環(huán)境與數(shù)據(jù)準(zhǔn)備：安裝DESeq2包，準(zhǔn)備計(jì)數(shù)矩陣和樣本信息表，導(dǎo)入R環(huán)境。

  4. DESeq2對(duì)象構(gòu)建：使用DESeqDataSetFromMatrix構(gòu)建數(shù)據(jù)對(duì)象，指定實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)公式。

  5. 差異表達(dá)分析流程：運(yùn)行DESeq函數(shù)完成歸一化、離散度估計(jì)和統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)的全流程。

  6. 結(jié)果提取與解讀：使用results函數(shù)提取比較結(jié)果，理解baseMean、log2FoldChange、pvalue、padj的含義。

  7. 數(shù)據(jù)歸一化探索：了解size factor的計(jì)算方式，比較原始計(jì)數(shù)與歸一化計(jì)數(shù)的差異。

  8. 可視化診斷：繪制MA圖、火山圖、PCA圖、樣本距離熱圖，評(píng)估數(shù)據(jù)質(zhì)量和分析效果。

  9. 多重假設(shè)檢驗(yàn)校正：理解padj的計(jì)算方式（BH方法），掌握顯著基因篩選標(biāo)準(zhǔn)。

  10. 多因素實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)：處理包含批次效應(yīng)、配對(duì)樣本等復(fù)雜實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的差異分析。

  11. 結(jié)果導(dǎo)出與注釋：將顯著差異基因列表導(dǎo)出，添加基因符號(hào)和功能注釋信息。

  12. 綜合實(shí)戰(zhàn)演練：以真實(shí)RNA-seq計(jì)數(shù)數(shù)據(jù)為例，完成DESeq2全流程分析及可視化。

如果您想學(xué)習(xí)本課程，請(qǐng)預(yù)約報(bào)名
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服務(wù)特點(diǎn)：
海量專家資源，精準(zhǔn)匹配相關(guān)行業(yè)，相關(guān)項(xiàng)目專家，針對(duì)實(shí)際需求，顧問(wèn)式咨詢，互動(dòng)式授課，案例教學(xué)，小班授課，實(shí)際項(xiàng)目演示，快捷高效，省時(shí)省力省錢(qián)。

專家力量：
中國(guó)科學(xué)院軟件研究所，計(jì)算研究所高級(jí)研究人員
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